Os primeiros templos budistas na Mongólia foram construídos durante o período dos Hunos, que começou no século 3 a.C.

De 330 a 550 d.C., no período de Mongol-Nirun, o Budismo havia se tornado a religião oficial do estado, e mais de dez reis receberam títulos budistas honorários. No entanto, o Budismo não era praticado pelo povo comum, que continuava seguindo as práticas ancestrais xamanistas.

O budismo tornou-se a religião do estado mongol pela segunda vez durante o período do Império Yuan, quando Kublai Khan designou Lama Pagva como mestre espiritual da Nação.

Após o colapso do Império Yuan, porém, o xamanismo tornou-se novamente a religião mais popular.

No século 16, o Budismo tornou-se a religião de estado da Mongólia pela terceira vez. Em 1587, Altan Khan foi o primeiro a conceder o título de Dalai Lama, significando «oceano de sabedoria», a Sodnomjamts, o líder da «seita amarela» do budismo tibetano.

No entanto, o budismo foi realmente praticado pelo povo comum apenas a partir do século 19. O auge do desenvolvimento do Budismo na Mongólia foi alcançado no final do século 19 - início do século 20. Com o apoio dos Manchús, mais de 700 mosteiros foram construídos em todo o país, abrigando mais de 30 mil lamas.

Os Manchús tinham como política encorajar a difusão do budismo na Mongólia em parte para aniquilar a cultura local e em parte como forma de minimizar a oposição política potencial ao seu regime, garantindo que uma grande proporção da população masculina fosse engajada nos mosteiros. No início do século 20, havia 115 mil lamas na Mongólia, correspondendo a 20% da população total e mais de um terço da população masculina do país. Os garotos eram geralmente inscritos nos mosteiros a partir dos cinco ou seis anos de idade, onde eram criados sob a tutela de lamas experientes.

Em 1911, a Mongólia tornou-se um estado religioso independente com o 8º Bogd Khan como líder. Após a revolução popular de 1921, o Budismo começou a declinar, e nas décadas de 1930 e 1940, quase todos os mosteiros mongóis foram destruídos pelo governo em um esforço para abolir a religião de estado.

A forma de budismo praticada na Mongólia foi extremamente influenciada pelas práticas rituais e místicas do Tantrismo, refletidas principalmente na crença no poder sobrenatural das palavras sagradas. Essa crença toma a forma de livros ou bandeiras impressas e mantras recitados.

Na «seita amarela» do budismo, o livro é o objeto mais sagrado. É a fonte de sabedoria que ajuda o Homem a escapar do seu sofrimento. Em caso de doença ou infortúnio, bem como nos períodos indicados pelas tabelas astrológicas, os mongóis consideram apropriado ler ou fazer com que lamas leiam livros particulares. Tipicamente, não é o livro inteiro que é lido, mas o dharani, séries de textos e sílabas mágicas que contêm a essência do livro em questão. Cada família considera muito auspicioso possuir uma sutra religiosa, que é dobrada em um tecido e guardada preciosamente na parte traseira da ioirta. Apenas um Lama tem permissão para tocar essa sutra. Assim, ela nunca é lida como tal, mas conservada como símbolo do seu conteúdo, que é considerado como tendo influência independentemente de ser lida ou não.

Os mongóis também acreditam que colocar uma bandeira de oração (khiimoriin dartsag) em um poste na parte traseira de sua ioirta lhes trará apoio em sua vida cotidiana. As palavras inscritas em sua bandeira são supostamente «ativadas» pelo sopro contínuo do vento. Da mesma forma, as orações podem ser ativadas ao levar um livro à cabeça ou ao girar a roda de um moinho de oração, um dispositivo cilíndrico contendo centenas de orações.