A queda do império mongol provocou uma crise grave na sociedade mongol. Este período é conhecido como "a era dos sub-monarcas" na historiografia. De fato, os líderes da Mongólia após 1368 reinavam por pouco tempo e enfrentavam crise permanente com a nobreza. O khan perdeu grande parte de seus poderes. Os señores locais começaram a ganhar autonomia em seus assuntos. A antiga nação mongol se desintegrou.

Os Oirads se separaram e formaram sua própria monarquia. A Mongólia se dividiu em uma parte leste e uma parte oeste. A parte leste se dividiu ainda em território interior e território exterior. Os oirads eram bastante ativos e ocasionalmente faziam incursões na Ásia Central.

A língua mongol também se fragmentou em vários dialetos distintos, que posteriormente se tornaram línguas. No entanto, o período do século 15-17 foi marcado por discípulos notáveis e poetas. Por exemplo, o príncipe Tsogt não era apenas um combatente, mas também poeta e filósofo.

O budismo chegou à Mongólia no século 16. Em 1572, o khan Altan se converteu ao budismo, rejeitando assim as velhas crenças xamanistas. O budismo ensinou aos mongóis a literatura, a filosofia, a teologia e as ciências naturais.

A supremacia do khan era limitada na Mongólia pós-imperial. 22 khans governaram a Mongólia entre 1370 e 1634. O príncipe Oirad tomou o trono em 1450 quebrando a tradição dos descendentes de Gengis. Cinco anos depois, a dinastia foi restaurada.

Em 1470, o khan Batmönh unificou a Mongólia por 40 anos. Mas sua morte levou a uma divisão ainda maior.

O período do século 15-17 marcou o nascimento de numerosos documentos legais pelos señores mongóis. Durante o império, a grande lei Yasa governava sozinha a sociedade. Portanto, quando cada príncipe queria se tornar independente, produzia numerosas leis e outros documentos vinculantes. Por exemplo, o código legal do khan Altan era válido na região Tumed. "A Lei Mongol-Oirad" e "O Código Religioso" estão entre os mais importantes.

Em 1575, os manchus chegaram e atacaram a dinastia chinesa Ming. Seu líder Nurhach declarou seu reino Ching em 1616. O exército manchu invadiu a Mongólia e pressionou os señores mongóis.

Em 1636, o conselho dos príncipes da Mongólia Interior admitiu sua derrota e reconheceu a autoridade do imperador manchu. O último da linhagem de Gengis, o khan Ligden resistiu aos Manchus até sua morte em 1634. Este foi o fim de uma grande dinastia. Esta situação piorou porque alguns mongóis se uniram ao exército manchu para partilhar suas vitórias.

Em 1691, os príncipes da Mongólia Exterior decidiram aceitar o domínio do império manchu, com a Zungaria nascendo como única província independente da Mongólia.